Application of in-depth taxonomy, metagenomics, and cell viability assessment of bacterial communities of the dairy chain

Abstract

Nella microbiologia lattiero-casearia, la ricerca è passata dallo studio del comportamento di singoli microrganismi in situazioni controllate allo studio di comunità batteriche complesse e alla loro interrelazione con il sistema circostante. In questa tesi sono stati studiati tre concetti chiave: lo studio della micro-diversità microbica, analizzando un genere specifico “Microbacterium” nel latte microfiltrato, il microbiota complesso del latte crudo e la vitalità cellulare nel siero-innesto naturale. I tre approcci utilizzati sono complementari per comprendere le dinamiche di processo e i fenomeni nelle produzioni lattiero casearie. Il genere Microbacterium è stato trovato prevalentemente nel latte fresco microfiltrato con una capacità di crescita a basse temperature. Inoltre, una nuova specie è stata scoperta e classificata con il nome Microbacterium paulum. Il profilo chimico e microbiologico misurato con tecniche omiche del latte crudo ha rivelato un'influenza del sistema di alimentazione che riguarda principalmente i metaboliti secondari e alcune unità tassonomiche significative, tra cui Pseudomonas e Staphylococcus. Infine, lo studio dello stato di salute della comunità lattica presente nel siero-innesto ha permesso la scoperta di un metodo rapido per valutare le prestazioni tecnologiche del siero-innesto sostituendosi alle tecniche basate su metodi di coltura in piastra.